Quand deux allèles sont codominants, l'estimation des fréquences repose sur le simple comptage des allèles. En effet, dans ce cas trois phénotypes sont observés qui correspondent aux trois génotypes possibles. Supposons que nous observons les effectifs phénotypiques et donc génotypiques suivants:
| Phénotype | [A1] | [A1A2] | [A2] | Total |
|---|---|---|---|---|
| Génotype | A1A1 | A1A2 | A2A2 | |
| Effectif | 10 | 20 | 70 | 100 |
Chaque individu portant deux allèles, le nombre total d'allèles échantillonnés est 200. Pour estimer la fréquence de l'allèle A1, il suffit de compter le nombre d'allèles A1 observés et de rapporter ce nombre au nombre total d'allèles observés (ici 200).
Comptons les allèles A1 échantillonnés :
Le nombre total d'allèles A1 échantillonnés est donc 2 x 10 + 20 = 40.
D'où la fréquence de l'allèle A1 : p = 40/200 = 0.2.
On peut calculer la fréquence de l'allèle A2 selon le même principe.
Dans le cas où l'un des deux allèles est dominant, seuls deux phénotypes seront observables pour trois génotypes possibles. Il n'est donc pas possible de compter directement les allèles (si seuls les effectifs phénotypiques sont fournis) comme dans le cas où les allèles sont codominants . Nous sommes donc amenés à faire des hypothèses concernant les fréquences génotypiques. L'hypothèse formulée est que la population est à l'équilibre de Hardy-Weinberg. Sous cette hypothèse, les fréquences génotypiques sont les suivantes (on appellera q la fréquence de l'allèle A2).
| A1A1 | A1A2 | A2A2 |
|---|---|---|
| p2 | 2pq | q2 |
Deux situations sont envisagées suivant que l'allèle dont on cherche la fréquence est dominant ou récessif :
Si l'allèle A1 est dominant, les individus de génotype A1A1 et de génotype A1A2 auront le même phénotype [A1]. Les fréquences de chaque phénotype seront donc les suivantes sous l'hypothèse que la population est à l'équilibre de Hardy-Weinberg :
| Phénotypes | [A1] | [A2] |
|---|---|---|
| Génotypes | A1A1 ou A1A2 | A2A2 |
| Fréquences | p2 + 2pq | q2 |
On observe les effectifs phénotypiques suivants :
| Phénotypes | [A1] | [A2] | Total |
|---|---|---|---|
| Effectifs | 64 | 36 | 100 |
On constate que seule la fréquence des individus de phénotype récessif peut nous permettre de calculer la fréquence allélique.
En effet f([A2]) = q2
Or f([A2]) = 36/100 = 0.36
On en déduit q2 = 0.36
D'où q = 0.6
Comme p + q = 1
On en déduit p = 1 - q = 0.4
Si l'allèle A1 est récessif les individus de génotype A1A2 et de génotype A2A2 auront le même phénotype [A2]. Les fréquences de chaque phénotype seront donc les suivantes sous l'hypothèse que la population est à l'équilibre de Hardy-Weinberg :
| Phénotypes | [A1] | [A2] |
|---|---|---|
| Génotypes | A1A1 | A1A2 ou A2A2 |
| Fréquences | p2 | 2pq + q2 |
On observe les effectifs phénotypiques suivants :
| Phénotypes | [A1] | [A2] | Total |
|---|---|---|---|
| Effectifs | 64 | 36 | 100 |
On peut extraire directement la fréquence de l'allèle A1 de la fréquence des individus de phénotype récessif.
En effet f([A1]) = p2
Or f([A1]) = 64/100 = 0.64
On en déduit p2 = 0.64
D'où p = 0.8
Comme dans la situation avec deux allèles, dès lors que les allèles sont codominants, on peut compter le nombre de fois où ils sont observés à partir des phénotypes des individus (chaque phénotype correspondant à un seul des génotypes possibles). Supposons que nous observons les effectifs phénotypiques et donc génotypiques suivants :
| Phénotype | [A1] | [A1A2] | [A1A3] | [A2] | [A2A3] | [A3] | Total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Génotype | A1A1 | A1A2 | A1A3 | A2A2 | A2A3 | A3A3 | |
| Effectif | 10 | 20 | 10 | 10 | 20 | 30 | 100 |
Chaque individu portant deux allèles, le nombre total d'allèles échantillonnés est 200. Pour estimer la fréquence de l'allèle A1, il suffit de compter le nombre d'allèles A1 observés et de rapporter ce nombre au nombre total d'allèles observés (ici 200).
Comptons les allèles A1 échantillonnés :
Le nombre total d'allèles A1 échantillonnés est donc 2 x 10 + 20 + 10 = 50.
D'où la fréquence de l'allèle A1 : p = 50/200 = 0.25.
On peut calculer la fréquence des allèles A2 et A3 selon le même principe.
Quelque soit la relation de dominance entre les allèles, les individus mâles permettent de calculer directement les fréquences alléliques puisque chaque individu n'est porteur que d'un seul allèle. Supposons que nous observons les effectifs phénotypiques et donc génotypiques suivants chez les individus mâles :
| Phénotype | [A1] | [A2] | Total |
|---|---|---|---|
| Génotype | XA1 Y | XA2 Y | |
| Effectif | 30 | 70 | 100 |
Le nombre d'allèles A1 observé chez les mâles est donc 30.
D'où la fréquence allélique p = 30/100 = 0.3.
On fera généralement l'hypothèse que la fréquence allélique est identique chez les femelles. On pourra d'ailleurs vérifier cette hypothèse si les deux allèles sont codominants.